श्री रघुनाथ जी बड़ा मंदिर में गौशाला का स्थान अत्यधिक महत्वपूर्ण है। यहाँ पर गौवंश की सुरक्षा, पालन-पोषण और उनकी देखभाल की जाती है। गौशाला में विभिन्न प्रजातियों की गायें रखी जाती हैं, जिनका पालन-पोषण विशेष रूप से किया जाता है। इन गायों की देखभाल, उनके स्वास्थ्य की जांच, उनका आहार, तथा उनकी आवश्यकतानुसार चिकित्सा सेवाएं प्रदान की जाती हैं। यहाँ के संचालक गौशाला की देखभाल और प्रबंधन को ध्यान में रखते हैं ताकि गायों को सर्वोत्तम देखभाल और आराम प्रदान किया जा सके। इसके साथ ही, यहाँ पर गौशाला के आसपास के लोगों को गौमाता की सेवा करने का अवसर भी प्राप्त होता है। गौशाला में विशेष अवसरों पर गायों की पूजा-अर्चना की जाती है और लोग यहाँ आकर धर्मिक आयोजनों में भाग लेते हैं। गौशाला मंदिर के संचालकों का यह प्रयास है कि गौमाता को सम्मानित किया जाए और लोगों को उनकी देखभाल का जिम्मा लेने के लिए प्रेरित किया जाए। इससे न केवल गौमाता का सम्मान होता है, बल्कि यह भारतीय संस्कृति के एक महत्वपूर्ण पहलू को भी दर्शाता है।